ISSN 0304-596X | E-ISSN: 2148-7669
Nörofibromatozis Tip 1 ve Tip2 (NF1 ve NF2): Hastaların Moleküler Genetik Profilleri [Acta Oncol Tur.]
Acta Oncol Tur.. Baskıdaki Makaleler: AOT-10692

Nörofibromatozis Tip 1 ve Tip2 (NF1 ve NF2): Hastaların Moleküler Genetik Profilleri

Abdullatif Bakır1, Vehap Topçu2, Büşranur Çavdarlı2
1Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Genetik Bölümü, Ankara
2Ankara Numune Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Tıbbi Genetik Bölümü, Ankara

GİRİŞ ve AMAÇ: Nörofibromatozis tip I ve tip 2 (NF1 ve NF2), Ulusal Sağlık Konsensüsü Enstitüleri'nin klinik tanı kriterlerine göre teşhis edilen iki nadir otozomal dominant nörokutanöz genetik hastalıktır. Artan malignite riskleri ve yaşa bağlı penetrans nedeniyle erken tanı için NGS temelli tanı yöntemleri kullanılmalıdır. Bununla birlikte, NF1 ve NF2 genlerinin moleküler teşhisi, genlerin büyük boyutu ve mutasyon noktalarının olmaması nedeniyle zordur. Bu çalışmada 2016-2019 yılları arasında yeni nesil dizileme (NGS) ile NF1 ve NF2 genleri araştırılan 67 hasta sunuldu. NGS temelli moleküler genetik tanıların etkinliğini göstermeyi ve Türk popülasyonunda varyant spektrumunun oluşturulmasına katkıda bulunmayı amaçladık.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Tanı kriterlerini karşılayan hastalar dahil edildi.
Periferik kan örneklerinden DNA ekstraksiyonundan sonra, hem NF1 hem de NF2 genlerini içeren NGS tabanlı bir panel gerçekleştirildi. Sonuçlar ACMG 2015 kriterleri ve in silico biyoinformatik araçları kullanılarak değerlendirildi.

BULGULAR: Toplam 67 hastanın 39'unda çeşitli varyantlar saptandı (39/67, ~%58). Varyant dağılımı şu şekildeydi; 15 çerçeve kayması, 8 anlamsız, 7 yanlış anlamlı, 6 splays bölge ve üç insersiyon/delesyon. Yeni varyant oranı 23/39 (22 NF1, 1 NF2, ~%59) idi. Klinik öneme göre sınıflandırma şu şekildeydi: ACMG 2015 kriterlerine göre 23 patojenik, 14 olası patojenik ve bir VUS
TARTIŞMA ve SONUÇ: Sonuçlarımız, bir NGS paneli kullanılarak yapılan genetik taramanın, erken tanı ve genetik danışmanlık sağlamak için daha yararlı ve yararlı olduğunu ve hasta takibini olumlu yönde etkilediğini göstermiştir.

Anahtar Kelimeler: Nörofibromatoz tip 1, Nörofibromatoz tip 2, Yeni nesil dizileme

Neurofibromatosis Type 1 and Type2 (NF1 and NF2): Molecular Genetic Profiles of the Patients

Abdullatif Bakır1, Vehap Topçu2, Büşranur Çavdarlı2
1Department of Medical Genetics, AnkaraTraining and Research Hospital, Ankara, Turkey
2Department of Medical Genetics, Ankara Numune Training and Research Hospital, Ankara, Turkey

INTRODUCTION: Neurofibromatosis type I and type 2 (NF1 and NF2) are two rare autosomal dominant neurocutaneous genetic disorders that are diagnosed based on clinical diagnostic criteria of the National Institutes of Health Consensus. Due to increased malignancy risks and age-related penetrance, NGS-based diagnosis methods should be used for early diagnosis. However, molecular diagnosis of the NF1 and NF2 genes are challenging owing to the large size of genes, and the lack of mutation hotspots. In this study, we present 67 patients between 2016-2019 who were investigated for NF1 and NF2 genes with the next generation sequencing (NGS). We aimed to show the effectiveness of NGS-based molecular genetic diagnoses and contribute to establishing the variant spectrum in the Turkish population.
METHODS: Patients who met the diagnostic criteria were included in this study. After DNA extraction from peripheric blood samples, an NGS-based panel that includes both NF1 and NF2 genes was performed. Results were evaluated using ACMG 2015 criteria and in silico bioinformatics tools.
RESULTS: 39 of 67 total patients revealed various variants (39/67, ~%58). The variant distribution was as follows; 15 frameshift, 8 nonsense, 7 missense, 6 splice sites, and three insertion/deletion. Novel variants ratio was 23/39 (22 NF1, 1 NF2, ~%59). The classification according to clinical significance was as follows: 23 pathogenic, 14 likely pathogenic, and one VUS according to ACMG 2015 criteria.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Our results suggested that a genetic screening using an NGS panel is more useful and helpful to provide early diagnosis and genetic counseling and have a positive impact on patient follow-up.

Keywords: Neurofibromatosis type 1, Neurofibromatosis type 2, Next-generation sequencing



Sorumlu Yazar: Abdullatif Bakır, Türkiye
Makale Dili: İngilizce
LookUs & Online Makale